EHDEN valide la standardisation au format OMOP de la base principale du SNDS faite par le Health Data Hub

Le travail de standardisation de la base principale du SNDS au format standard OMOP, réalisé par le Health Data Hub dans le cadre d’un appel à projet EHDEN, a reçu sa validation finale en septembre 2023. Ce travail améliorera l’interopérabilité de la base, ouvrant la voie à des partenariats internationaux et facilitera son utilisation pour des projets de recherche, en particulier pour analyser les parcours de soins des patients.

Contenant les données de santé médico-administratives de presque l’ensemble de la population française, la base principale du Système national des données de santé (SNDS) présente un intérêt fort pour la recherche, puisqu’elle contient à la fois les données sur les prestations médicales réalisées en ville, mais aussi les données relatives aux séjours hospitaliers. Cette base de données présente cependant un schéma relationnel complexe (plus de 180 tables et 4 500 variables), avec de nombreuses informations spécifiques sur le remboursement des soins, la rendant complexe à exploiter pour la recherche, mais également difficilement chainable à d’autres bases de données. 

Pour élargir son potentiel d’utilisation, il est possible de standardiser cette base vers des modèles de données reconnus internationalement et largement utilisés, tels que OMOP-CDM, la rendant ainsi interopérable avec d’autres bases car partageant la même structure et utilisant les mêmes terminologies.

Transformer des données vers le modèle de données standard OMOP permet de les focaliser sur le patient et ses interactions avec le système de santé, en ne gardant que des informations générales sur les parcours de soins. 

Le Health Data Hub, lauréat du deuxième appel à projets porté par EHDEN

D’abord lauréat d’un premier appel à projets lancé par le consortium EHDEN (European Health Data and Evidence Network, branche européenne du réseau OHDSI, responsable d’OMOP-CDM) en 2020, portant sur des données de patients ayant reçu un diagnostic hospitalier de COVID-19, le Health Data Hub a ensuite candidaté à un second appel à projets EHDEN à partir de décembre 2021. L’objectif était de standardiser au format OMOP les données de 2015 à 2021, d’une cohorte de 3 millions de patients de la base principale du SNDS. 

Cette transformation comporte quatre étapes principales : 

• L’écriture de règles de transformation entre les tables et variables de la base principale du SNDS et celles d’OMOP-CDM.
• La traduction de plus de 70 000 codes utilisés dans la base principale du SNDS pour décrire les événements médicaux (nomenclatures CCAM, CSARR, NABM, LPP, etc.) vers des nomenclatures standards (SNOMED-CT, etc.). Cette étape a été réalisée par des internes en médecine, et avec l’appui de Bordeaux PharmacoEpi (BPE).
• L’implémentation de scripts effectuant la transformation de la base.
• La mise en qualité des résultats.

Cette transformation a permis de réduire par cinq la volumétrie des données de la base principale du SNDS, de garder uniquement les informations principales sur le parcours de soin du patient, améliorant la compréhension de cette base par des personnes non expertes, et de centrer les données autour du patient, favorisant ainsi l’étude des parcours de soins. 

La qualité de ce travail a d'abord été certifiée par Easter Eggs, société certifiée par EHDEN, avant de recevoir la validation finale d’EHDEN en septembre 2023, clôturant ainsi le travail du Health Data Hub sur l’appel à projets. 

Les règles de standardisation et les scripts de transformation seront publiées d’ici la fin de l’année 2023, respectivement sur le site de la documentation SNDS et sur le dépôt GitLab du Health Data Hub, permettant ainsi à l’ensemble de la communauté de bénéficier de ce travail et de collaborer à son amélioration. Une première version des règles et des scripts existe déjà et concerne le travail sur le premier appel à projet EHDEN. 

La version OMOP-CDM de la base principale du SNDS, vecteur de partenariats multi-centriques et internationaux

La standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP ne se limite pas à ces deux appels à projet. Très prometteuse, cette version de la base principale du SNDS sera utilisée dans de nombreux projets auxquels le Health Data Hub participe, notamment dans le cadre des groupes de travail sur l’espace européen des données de santé (HealthData@EU) ou commandités par l’Agence européenne du médicament.