OpenSNDS2vec
Partenaires
La Drees fait partie du service statistique public : sa vocation est de fournir aux décideurs publics, aux citoyens, et aux responsables économiques et sociaux des informations fiables et des analyses sur les populations et les politiques sanitaires et sociales
Inria est un organisme public de recherche français entièrement dédié à la recherche en sciences et technologies du numérique Son objectif est de mener une recherche académique permettant le développement d’algorithmes et d’outils numériques de pointe, et leurs applications, par exemple à la santé.
Le CEPHEPI est une structure publique de l’AP-HP dont l’objectif est d’évaluer les médicaments et dispositifs médicaux en vie réelle, avec une forte expertise en épidémiologie.
Contexte
Le bureau Innovation et Évaluation en Santé (Lab Santé de la Drees) au sein de la sous-direction de l’Observation de la santé et de l’assurance-maladie travaille sur de nouvelles méthodes pour mieux exploiter les données de santé disponibles dans le Système national des données de santé (SNDS). Dans ce cadre, il travaille notamment sur l’utilisation de méthodes d’intelligence artificielle pour mieux décrire et analyser les parcours de soins.
C’est dans cette perspective qu’a été lancé le projet SeqNDS, mené par le Lab Santé de la DREES en collaboration avec l’équipe Soda d’Inria. Ce projet vise à étudier ce que les méthodes d’intelligence artificielle peuvent apporter à l’analyse des parcours de soins, en apprenant à partir des séquences d’événements de santé observées dans la base principale du SNDS.
Ces travaux ont conduit au développement de plusieurs outils permettant de préparer les données du SNDS sous une forme adaptée à l’utilisation de méthodes d’intelligence artificielle et de représenter les parcours de soins.
Objectif du projet
Le projet OpenSNDS2vec est porté par la Drees, en partenariat avec Inria et le CEPEPHI. Il vise à rendre ces outils accessibles à une communauté plus large (biostatisticiens, médecins, épidémiologistes), en les mettant à disposition en open source, avec une documentation et des exemples d’utilisation.
L’objectif est de permettre à des chercheurs et professionnels de santé, y compris ceux qui ne sont pas spécialistes de l’intelligence artificielle, de mieux comprendre ces méthodes et de pouvoir les réutiliser pour étudier les parcours de soins.
Le projet permettra notamment de mettre à disposition des outils pour :
- transformer les données du SNDS en séquences décrivant les parcours de soins ;
- représenter les différents événements de santé sous une forme permettant de les comparer et de les analyser ;
- utiliser ces représentations pour développer de nouvelles analyses ou des modèles prédictifs.
Méthodologie et caractère innovant
Le projet s’inspire de méthodes utilisées en intelligence artificielle pour analyser des textes. L’idée est de considérer un parcours de soins comme une suite d’événements, de la même manière qu’un texte est une suite de mots: en observant les événements qui apparaissent régulièrement dans des contextes similaires, il est possible d’apprendre une représentation de ces événements et de mettre en évidence leurs relations.
Deux outils principaux ont été développés :
- SNDS2table : transforme les données du SNDS en séquences d’événements décrivant les parcours de soins des patients.
- SNDS2vec / OpenSNDS2vec : apprend une représentation des événements de santé à partir de la manière dont ils apparaissent dans les parcours de soins. Des événements qui apparaissent dans des contextes similaires peuvent ainsi avoir des représentations proches.
Cette approche, inspirée des méthodes de traitement automatique du langage, permet d’explorer les parcours de soins avec des méthodes nouvelles et de produire des représentations pouvant ensuite être utilisées dans différentes analyses.
Le projet s’inscrit dans la continuité des travaux menés dans le cadre de SeqNDS et des travaux antérieurs sur la représentation des événements de santé, notamment ceux de Doutreligne et al. (2020).
Le projet OpenSNDS2vec est lauréat de la 10e édition de l’appel à manifestation d’intérêt dédié à la Bibliothèque Ouverte d’Algorithmes en Santé (BOAS). Dans ce cadre, il bénéficie d’un accompagnement technique et financier de la part de la Plateforme des données de santé.
Résultat / Livrable attendu
OpenSNDS2vec permettra de mettre à disposition :
le code source des outils développés ;
- une documentation claire permettant de comprendre leur fonctionnement et leur utilisation ;
- une galerie d’exemples pour faciliter la prise en main des outils.
L’objectif est de permettre à une communauté large — notamment des médecins, épidémiologistes, biostatisticiens et chercheurs en sciences des données — de découvrir et de réutiliser ces méthodes pour analyser les parcours de soins.
Les ressources mises à disposition seront strictement dé-identifiées. Aucune donnée individuelle permettant d’identifier directement ou indirectement une personne ne sera partagée.