Apprentissage Profond Renforcé par ImmunohistOchimie pour la Requalification d’Images de Cancers du Sein
Objectifs de l'étude
Domaines médicaux
Catégories des données utilisées
Bénéfices attendus
Le cancer du sein est le plus fréquent et le plus meurtrier des cancers en France. Sa prise en charge repose essentiellement sur la description microscopique des tumeurs par le pathologiste. Or, face à une complexité et à une variabilité extrêmes des tumeurs, le pathologiste résume l’information morphologique à quelques critères peu distinctifs et moyennement reproductibles. Le projet APRIORICS a pour ambition d’utiliser l’intelligence artificielle pour décrire les tumeurs de manière précise, extensive et intelligible pour le pathologiste. Cette approche comblerait une lacune majeure pour le développement d’une prise en charge personnalisée des cancers du sein.
Eléments de méthode
Notre souhaitons injecter aux algorithmes d’analyse d’images histologiques des connaissances biologiques à priori permettant de développer des outils d’intelligence artificielle fiables, reproductibles et généralisables. Notre modèle portera sur le cancer du sein, l’un de nos domaines de prédilection et enjeu majeur de santé publique, mais se veut généralisable à tout type de pathologie faisant intervenir une analyse histologique (exemple des lymphomes : autre domaine d’expertise de l’équipe).
1) Création des huit datasets annotés par immunohistochimie
• Réalisation et numérisation de 8000 lames H&E anonymisées
• Réalisation et numérisation des IHC sur les mêmes lames, extraction de patches
• Déconvolution des images IHC, traitement des images masques (annotations)
A la fin de cette étape, seront générés plusieurs millions de patches H&E avec annotation sous forme d’un masque (annotation) correspondant à une structure biologique d’intérêt.
2) Entrainement d’algorithmes de segmentation pour chaque structure biologique (infrastructure HDH, GPU)
• Réseaux de type U-Net / Mask-RCNN / deep watershed. Prédiction des masques (annotations) à partir des patches H&E.
3) Création d’une interface homme-machine sous forme d’une application modulaire utilisant une API REST et un framework Vue.JS pour l’interface utilisateur, qui permettra de fournir un descripteur intelligible de la morphologie tumorale à partir d’une WSI :
• en détaillant les caractéristiques de chacun des composants de la tumeur
• en détaillant leurs situations respectives dans la tumeur (statistiques spatiales).
Origine des données
Population concernée
Patients de plus de 18 ans à la prise en charge.
Patients traités pour un cancer du sein à l’IUCT-Oncopole depuis 2016. Il peut s’agir de prises en charge par chirurgie première ou par chimiothérapie néoadjuvante puis chirurgie sans réponse pathologique complète.
Bloc de paraffine représentatif de la tumeur disponible dans les archives du laboratoire d’anatomie pathologique de l’IUCT-Oncopole.
Organismes parties au projet
Type de responsable de traitement
Délégué à la Protection des Données
2 Rue Charles Viguerie 31300 Toulouse
cambus.jp@chu-toulouse.frReprésentant du responsable de traitement (si hors UE)
Responsable de mise en œuvre différent du responsable de traitement
Calendrier et statut d'avancement
Informations réglementaires
Destinataire(s) des données
Non renseigné
Durée de conservation des données aux fins du projet
5
Encadrement réglementaire
Existence d’une prise de décision automatisée
Non renseigné
Base juridique
(1)(a) consentement spécifique, éclairé et univoque(2)(a) consentement spécifique, éclairé et univoque
Transfert hors UE
Garanties transfert
Non renseigné
Variables sensibles utilisées
Non renseigné
Droits des personnes
Pour obtenir des informations sur le traitement de leurs données les patients pourront consulter, le site internet du responsable du traitement des données à l’adresse suivante https://www.chu-toulouse.fr/-recherche-et-essais-cliniques-. Ils pourront également y trouver les coordonnées des personnes au prêt de qui ils peuvent faire valoir leurs droits.
o Portabilité
Le traitement des données n’étant fondé ni sur le consentement de la personne ni sur l’exécution d’un contrat, les conditions d’applicabilité du droit à la portabilité prévu par l’article 20 du RGPD ne sont pas réunies. Les personnes peuvent faire valoir leurs droits via instructions qui leur seront données dans les documents d’information. Ces droits s’exercent auprès du médecin qui les suivent dans le cadre de cette recherche et qui connaît leur identité, lequel fera remonter l’information au DPO / ou directement auprès du DPO (dpo@chu-toulouse.fr)
o Accès
Ce droit peut s’exercer auprès du médecin qui suit les patients dans le cadre de cette recherche et qui connaît leur identité, ou auprès du DPO du CHU de Toulouse.
Concernant le droit d’accès aux données de l’étude, dans la mesure où celles-ci sont pseudonymisées, le Responsable de traitement, par l’intermédiaire du HDH, n’est pas en mesure de remonter à l’identité des personnes et de confirmer que des données à caractère personnel les concernant sont ou ne sont pas traitées. Par conséquent, le(s) Responsable(s) de traitement ne peut/peuvent pas permettre l'accès auxdites données à caractère personnel dans le cadre du présent projet. Conformément à l’article 11 du RGPD, le HDH ne conserve pas de pseudonymes ni de tables de correspondance dans le seul but de permettre aux personnes d’exercer leurs droits.
C’est la raison pour laquelle en cas d’exercice du droit d’accès par les citoyens, le HDH les invite à contacter le CHU de Toulouse (médecin porteur du projet ou le DPO) qui est seul à disposer des identifiants directs des personnes et peut donc donner suite à un exercice des droits relatif aux données des bases sources. Il est également prévu que les coordonnées des correspondants à contacter pour exercer les droits soient disponibles sur le site internet du HDH.
o Rectification et effacement
Ces droits s’exercent auprès du médecin qui les suit dans le cadre de cette recherche et qui connaît leur identité ou auprès du DPO du CHU de Toulouse.
Pour les mêmes raisons justifiant que le(s) Responsable(s) de traitement n’est pas en mesure de confirmer que des données à caractère personnel d’une personne identifiée sont ou ne sont pas traitées sur la plateforme technologique, il n’a pas non plus la possibilité technique de permettre leur rectification ou leur effacement. Conformément à l’article 11 du RGPD, le HDH ne conserve pas les pseudonymes d’origine, ces derniers étant remplacés par des nouveaux identifiants projet générés aléatoirement.
En cas d’exercice du droit de rectification ou du droit à l’effacement par les citoyens, le HDH les invite à contacter le CHU de Toulouse (médecin porteur du projet ou le DPO) qui sont les seuls à disposer des identifiants directs des personnes et peut/peuvent donc donner suite à un exercice des droits relatif aux données des bases sources. Il est également prévu que les coordonnées des correspondants à contacter pour exercer les droits soient disponibles sur le site internet du HDH.
L’exercice du droit de rectification ou du droit à l’effacement sera possible pendant la phase du projet préalable à la mise à disposition des données sur le HDH, auprès des producteurs de données sources qui sont seuls à connaître l’identité des personnes. Ainsi, en cas d’exercice du droit à l’effacement (respectivement de rectification), les producteurs de données devront supprimer de la base livrée pour le projet de recherche les données relatives aux personnes ayant exercé leur droit à l’effacement (respectivement rectifier les données) si le producteur est en capacité de les identifier.
o Limitation et opposition
Ces droits s’exercent auprès du médecin qui les suit dans le cadre de cette recherche et qui connaît leur identité ou auprès du DPO du CHUT. Pour les mêmes raisons justifiant que le(s) Responsable(s) de Traitement n’est pas en mesure de confirmer que des données à caractère personnel d’une personne identifiée sont ou ne sont pas traitées sur la plateforme technologique, il n’a pas non plus la possibilité de donner suite à une demande de limitation ou d’opposition. Conformément à l’article 11 du RGPD, le HDH ne conserve pas les pseudonymes d’origine, ces derniers étant remplacés par des nouveaux identifiants projet générés aléatoirement.
En cas d’exercice du droit de limitation ou d’opposition par les citoyens, le HDH les invite à contacter le CHU de Toulouse (médecin porteur du projet ou le DPO) qui sont seuls à disposer des identifiants directs des personnes et peuvent donc donner suite à un exercice des droits relatif aux données des bases sources. Il est également prévu que les coordonnées des correspondants à contacter pour exercer les droits soient disponibles sur le site internet du HDH.
L’exercice du droit de limitation ou d’opposition sera possible pendant la phase du projet préalable à la mise à disposition des données sur la plateforme technique du HDH, auprès des responsables de données qui sont seuls à connaître l’identité directe des personnes. Ainsi, en cas d’exercice du droit d’opposition, les responsables de données devront supprimer de la base source livrée pour le projet les données relatives aux personnes ayant exercé leur droit d'opposition si le responsable est en capacité de les identifier.