Comment faire confiance aux résultats d'analyse génétique des biopsies liquides ? LB revival

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

En cancérologie, la biopsie liquide est actuellement prescrite pour identifier la présence de mutations sur l’ADN tumoral circulant (il n’est pas possible, sur biopsie liquide, de chercher des anomalies sur ARN). La présence d’une mutation est révélatrice d’une maladie tumorale le plus souvent avancée, que ce soit au diagnostic, lorsque l’étude de la tumeur primaire n’est pas possible, ou en cas d’évolution (rechute ou processus métastatique) lorsque la mutation a été identifiée sur le site primitif. Cette analyse est utilisée essentiellement dans un but diagnostique ou thérapeutique en vue de la mise en place ou du suivi d’une thérapie ciblée.
Toute la difficulté réside dans le fait que, lorsqu’aucune mutation n’est détectée dans le prélèvement, il n’est pas possible de savoir s’il s’agit d’un vrai négatif (absence de mutation sur l’ADN tumoral circulant) ou d’un faux négatif (absence d’ADN tumoral circulant). Seules les analyses détectant la présence d’une mutation peuvent donc être utilisées (vrai positif, traduisant par là-même la présence d’ADN tumoral circulant).
Actuellement, la seule approche publiée convaincante majore le coût de l'analyse de 1000 euros environ (Husain et al. 2022).
Il est possible, en ajoutant une étape simple et rapide entre la préparation de l’ADN issu du prélèvement et la recherche de mutations, de mesurer la présence et la quantité d’ADN tumoral dans le prélèvement. Cette technique, celle étudiée dans cette étude est une analyse par NGS (Next Generation Sequencing). Cette étape n’allonge pas le délai de réponse à la demande d’examen, car elle est menée en parallèle avec le profilage génomique. Cette technique a été appliquée à une série de 30 ADNs extraits de plasma (reliquats d'analyse), dont les profils génomiques avaient été préalablement établis au laboratoire. Les seuils de détection et de validation ont été définis, à savoir : en dessous du seuil, il n’y a pas ou pas suffisamment d’ADN tumoral circulant pour permettre une analyse fiable ; seule la détection d’une mutation sera validée dans ce cadre, l’absence d’anomalie représentant un faux négatif. Au-dessus du seuil, l’absence comme la présence de mutation constituent des résultats fiables et utilisables en clinique.
Une étape de validation de méthode, également rétrospective sur une série de 144 reliquats d'ADNs, a été conduite et permet aujourd’hui de proposer cet examen complet en pratique oncologique quotidienne
Plusieurs applications nouvelles peuvent par conséquent être envisagées. En effet, la présence quantifiable d’ADN tumoral circulant est, à elle seule, le témoin d’un processus cancéreux, en l’absence comme en présence de mutation(s) sur cet ADN. Aux applications actuelles, limitées à l’identification de cibles thérapeutiques, viennent donc s’ajouter :
- Le diagnostic d’un processus tumoral, même en l’absence de connaissance d’un site primitif ;
- Le suivi d’un processus tumoral (rechute, évolution métastatique) ;
- Le suivi thérapeutique.
L’objectif de cette étude est de mettre en place en routine cette caractérisation complète de l’ADN tumoral circulant de manière prospective et continue, avec quelques centres d’oncologie ayant une activité importante en termes de prescriptions d’examens de génétique tumorale pendant 6 mois.