EpiSign International : Évaluation de l'impact sur le système de santé et élargissement de l'utilisation clinique des tests génomiques dans les maladies rares et au-delà

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

L'objectif de cette étude est de valider et d'évaluer l'utilité du logiciel EpiSign et d'une technologie intégrée de puces de méthylation de l'ADN et de variation du nombre de copies (CNV) développée dans le cadre de ce projet, pour aider à identifier les personnes atteintes d'une maladie rare au Canada et à l'étranger.
Le logiciel EpiSign est une technologie brevetée (EpiSign Inc.) qui utilise la méthylation épigénétique de l'ADN pour identifier les personnes atteintes de maladies rares, les schémas épigénétiques de méthylation de l'ADN d'un individu comme biomarqueurs de maladies rares, y compris les conditions d'exposition génétiques et environnementales. Les puces de méthylation de l'ADN sont utilisées pour mesurer les niveaux de méthylation de l'ADN à des endroits génétiques spécifiques du génome. Une approche similaire est utilisée dans la technologie des puces CNV où, au lieu des niveaux de méthylation de l'ADN les gains ou les pertes d'ADN peuvent être quantifiés.
L'analyse des puces à ADN est devenue une méthodologie de référence pour aider à identifier les personnes atteintes de maladies rares dans le monde entier.

La première phase du projet consistera à évaluer l'efficacité de l'analyse des CNV. Elle évaluera l'utilité de l'analyse EpiSign en combinaison avec l'analyse de la méthylation de l'ADN standard EPIC dans le cadre de l'évaluation diagnostique initiale de personnes suspectées d'être atteintes de maladies rares dans les laboratoires de diagnostic de 12 pays.

La deuxième phase du projet évaluera l'utilité de l'analyse EpiSign en utilisant les nouvelles biopuces intégrées EPIC/CNV, ainsi que l'évaluation de la performance technique de la puce EPIC/CNV dans la détection des CNV, dans le cadre de l'évaluation diagnostique initiale chez les personnes atteintes de
de maladies rares.

Objectif principal : Obtenir des preuves prospectives en situation réelle de l'impact de l'analyse EpiSign, combinée soit avec la technique standard de puces de méthylation de l'ADN EPIC ou bien avec la technique EPIC/CNV intégrée, dans le cadre de l'évaluation diagnostique initiale des patients suspectés d'être atteints de maladies rares dans différents systèmes de santé au niveau international, mesuré par le rendement diagnostique, l'impact sur les systèmes de santé et l'utilité clinique.

Objectif secondaire : Évaluer la performance technique de la technologie intégrée EPIC/CNV pour détecter les gains et les pertes d'ADN et la comparer au test CNV standard dans différents systèmes de santé au niveau international.

Objectif exploratoire : Développement et amélioration du logiciel EpiSign, y compris le développement et l'amélioration des nouveaux biomarqueurs d'épisignature ou des biomarquers d’épisignature connus.

Critères de sélection des patients :
Phase 1 : Tout patient qui a déjà eu une première analyse génétique (sans diagnostic posé, donc cas non-résolu ou diagnostic non-conclusif) ou pour lequel une première analyse génétique est prévue au sein du centre participant et qui n'a pas encore réalisé ou reçu de résultats de tests génétique de deuxième intention au sein du centre participant.

Phase 2 : La phase 2 ayant pour principal objectif d'évaluer la détection des CNV à l'aide de la nouvelle matrice combinée EPIC/CNV, les critères d'inclusion pour cette partie du projet sont divisés en 2 groupes :

Groupe 1 : même critères que les patients de la Phase 1
Groupe 2 : contrôles positifs : Tout patient ayant bénéficié d'un test de CNV standard et pour lequel une CNV a été rapportée selon la modalité de test de CNV standard clinique du site participant. Pour les CNV signalés, l'ordre de priorité suivant doit être respecté afin de sélectionner les patients susceptibles de tirer le plus grand bénéfice du test EpiSign:

1. Le CNV signalé est un VUS (Variant de signification indéterminée) et le cas est considéré comme non résolu (sans diagnostic moléculaire).
2. La CNV signalée est probablement pathogène, mais l'expressivité variable ou la pénétrance incomplète est connue pour l'affection associée et est suspectée chez le patient
3. La CNV signalée est probablement pathogène et l'affection associée présente une épisignature détectable sur le menu du test (fournira un aperçu de l'utilité de l'épisignature dans les troubles associés aux CNV détectables par EpiSign, et une confirmation secondaire pour le diagnostic moléculaire)
4. Tout patient présentant une CNV

Des informations cliniques concernant les antécédents médicaux, les tests et résultats antérieurs et actuels, les antécédents familiaux, les soins actuels et les choix futurs en matière de diagnostic et de traitement seront recueillies et transmises à l’équipe de recherche pour lui permettre de déterminer si l'analyse EpiSign a été utile pour le diagnostic de la maladie rare.

Pour les participants à la phase 2 de cette étude, des informations sur les résultats du test chromosomique clinique de routine/standard seront recueillies afin de les comparer celles issues de la nouvelle technologie.