Etude phylogénétique du virus Chikungunya International CHIKV – CHIKV International

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Le virus Chikungunya (CHIKV), un alphavirus transmis par les moustiques Aedes, peut provoquer des syndromes fébriles, des arthralgies durables entraînant un handicap chronique, ainsi que des atteintes neurologiques sévères. Le virus a été isolé pour la première fois en Tanzanie en 1952-53, et pendant des décennies, les foyers épidémiques sont restés circonscrits à l'Afrique subsaharienne et à l'Asie. La circulation du virus chikungunya s'étend progressivement vers les régions tempérées, les épidémies autochtones devenant de plus en plus fréquentes dans la zone méditerranéenne. L'année 2025 a constitué un tournant épidémiologique, avec une incidence cumulée dépassant 500 000 cas et plus de 150 décès selon les données de l'OMS. Cette épidémie a touché de nouveaux territoires notamment en Amérique du Sud. Le recours à l'épidémiologie moléculaire permet de mieux comprendre l'adaptation virale et la dynamique des épidémies, et contribue à prévenir leur propagation et leur émergence dans les pays non endémiques où Aedes albopictus est désormais bien implanté, comme l'ont illustré les multiples foyers de transmission locale observés en Italie ou en France.
Les objectifs de l’étude sont les suivants :
1. Analyse descriptive des caractéristiques épidémiologiques des voyageurs atteints de chikungunya confirmé ou probable consultant dans les cliniques GeoSentinel et TropNet, afin de compléter les données des autorités de santé publique nationales des pays touchés par l'épidémie de CHIKV de 2024-2025.
2. Génotypage, séquençage complet du génome et analyse phylogénétique des souches de CHIKV isolées chez les voyageurs, pour comprendre la dynamique de transmission des épidémies actuelles à l'échelle mondiale.
Un séquençage complet du génome des souches de CHIKV isolées chez des voyageurs virémiques est réalisé pour l'étude. Les données de génétique croisées avec les données cliniques permettront de déterminer la dynamique de transmission, le taux évolutif et le taux de pression de sélection favorisant l'évolution du virus.
La population de l'étude est :
- les voyageurs revenant d'un voyage consultant dans un centre GeoSentinel ou TropNet ;
- les voyageurs pris en charge entre le 1er août 2024 et le 31 décembre 2027 ;
- les voyageurs chez qui le diagnostic de chikungunya a été confirmé par RT-PCR.