EVALUATION DE LA MÉTAGÉNOMIQUE CLINIQUE GLOBALE EN MYCOLOGIE ET PARASITOLOGIE

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Notre département de microbiologie a décidé d'évaluer rétrospectivement l'intérêt de la métagénomique dans le diagnostic des infections fongiques et parasitaires en parallèle des méthodes conventionnelles. Avant d'entreprendre une étude clinique comparative, nous proposons une évaluation méthodique de la MCG sur des échantillons connus pour être positifs ou négatifs à des champignons et parasites, et ce, en utilisant différentes matrices biologiques. Cette approche permettra de couvrir un large éventail de pathogènes et de matrices pour mieux comprendre la portée de cette technologie dans le diagnostic des maladies fongiques et parasitaires. Cette évaluation est un prérequis nécessaire pour l’utilisation de la métagénomique clinique dans le diagnostic microbiologique en mycologie et parasitologie. Selon les résultats, cette étude pourra permettre l’amélioration du diagnostic des infections fongiques et parasitaires.
L’objectif principal est la quantification de l’apport de la métagénomique clinique (MgC) dans le diagnostic microbiologique fongique et parasitaire, en termes d’exactitude diagnostique (accuracy, définie comme le rapport entre la proportion de patients vrais négatifs ou vrais positifs parmi la totalité des patients).
Objectifs secondaires :
- Évaluation des performances diagnostiques (sensibilité, spécificité, aire sous la courbe ROC, rapports de vraisemblance positif et négatif, F1-score) pour les principales catégories de pathogènes retrouvés (fongiques et parasitaires) et selon les types d’échantillons (respiratoires, sanguins … etc)
- Déterminer des seuils de positivité de la MgC selon les différents types de pathogènes et matrices
- Corrélation entre quantification moléculaire (Ct) et MgC (nombre de reads)
Méthodes: C’est une étude rétrospective non interventionnelle sur fond de tube (n = 200) et données cliniques déjà collectées (ORBIS). Les données analytiques en microbiologie classique sont fournies par les techniques de routine au laboratoire (méthodes conventionnelles) : examen direct et mise en culture en mycologie, réalisation de différentes PCR ciblées en mycologie et parasitologie (la combinaison de ces analyses représente notre gold standard). Pour la partie métagénomique clinique, les données analytiques sont fournies par la technique MetaMIC® (procédure brevetée maison).
-La population: Les prélèvements proviennent d’une collection d’échantillons (fond de tube) collectés durant la période d 1er janvier 2017 au 31 décembre 2022.