Evaluation de nouveaux marqueurs viraux pour mieux comprendre les situations d’échec virologique inexpliqué

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

L’objectif d’un traitement antirétroviral (ARV) est de rendre la réplication virale ARN VIH-1 plasmatique indétectable (< 50 Cp/mL) avec les tests commerciaux validés et qualifiés en pratique clinique. Cet objectif est pratiquement atteint dans plus de 95% des cas.

Cependant, dans certaines situations, et malgré une très bonne observance ainsi qu’une sensibilité de la souche virale au traitement ARV, une réplication virale peut-être observée. Cette situation désignée dans la littérature anglo-saxonne sous le terme « non suppressive viremia » (NSV) sera appelée dans notre travail « virémie non supprimée » (VNS).

En l’absence de grande études multicentriques dédiées, il est difficile d’estimer avec précision la fréquence des VNS au sein des files actives de personnes vivant avec le VIH (PVVVIH). De manière pragmatique une fréquence <5% peut-être avancée. Dans notre file active dijonnaise, une analyse rapide a permis d’identifier 31 patients présentant un profil de VNS, sur 800 suivis en 2024, correspondant à une prévalence de 3,9%.

La survenue de ces VNS est fréquemment associée à une expansion clonale de cellules mémoires. Les mécanismes à l’origine de cette expansion ne sont pas encore bien élucidés.

En pratique clinique, une réplication virale inexpliquée sous traitement ARV constitue une situation perturbante, tant pour les patients que pour les cliniciens. Le caractère « inexpliqué » repose sur plusieurs critères :
(i) Une bonne observance,
(ii) Des concentrations plasmatiques d’ARV situées dans les zones thérapeutiques efficaces
(iii) Un génotypage de résistance montrant une souche sauvage et/ou complètement sensible au traitement ARV en cours.

Dans ce contexte, il apparait urgent de développer des marqueurs virologiques simples, rapides et fiables permettant de déterminer le caractère délétère ou non d’une réplication virale persistante sous traitement ARV.

C’est dans cette optique que nous avons développé deux PCR originales permettant de séquencer deux régions virales supplémentaires dans les situations de VNS, à savoir :
1. Le Séquençage de la région 5’ LTR- leader, permettant de de déterminer le caractère défectif ou non du virus replicatif ;
2. Le Séquençage de la Nucléocapside, qui vise à identifier de nouvelles mutations impliquées dans un mécanisme de résistance indirect aux inhibiteurs d’intégrase.

Enfin, les deux technologies de séquençage, Sanger et NGS, seront utilisées dans ce projet de recherche, puis comparées afin d’évaluer leurs performances respectives.