EVAMOS - EVALUATION DE METHODES DE SEQUENÇAGE POUR LA DETECTION DE VARIANTS MOSAÏQUES EN MALADIES RARES

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

L’étude a pour objectif d’évaluer des méthodes d’analyses pour la détection de mutations génétiques dites « en mosaïque ». Ces mutations ont la particularité de n’être présentes que dans certaines cellules du corps, dans certains tissus ou organes : elles ne touchent pas l’ensemble des cellules d’un individu. Ceci amène une difficulté technique : il faut pouvoir détecter une mutation même si elle n’est présente que dans 1% de l’échantillon testé (peau, sang, etc.). La méthode actuelle de détection de ces mutations pour le diagnostic est basée sur le séquençage d’un panel de gènes (liste de 50 à 100 gènes). Cette méthode robuste est limitée par le nombre de gènes pouvant être séquencés : plusieurs panels réalisés de manière séquentielle peuvent être nécessaires (coût et délai de rendu important) et cette stratégie ne permet pas la découverte de nouveaux gènes responsables des pathologies concernées. L’objectif de cette étude méthodologique est de pouvoir identifier un workflow de séquençage (combinaison kit de préparation de librairie, séquenceur, profondeur de séquençage, analyse bioinformatique) compatible avec les exigences du soin (sensibilité, spécificité, coût) déployable sur les plateformes de séquençage du plan FMG2025.