Impact clinique de la PCR multiplexe Novidiag® Bacterial GE comparé à la coproculture standard des selles pour les patients admis aux urgences

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Les gastro-entérites infectieuses (GEI) sont une cause majeure de morbidité et de mortalité dans le monde. Elles peuvent survenir à la suite d'une infection virale, bactérienne ou parasitaire entraînant généralement une diarrhée associée à des symptômes digestifs, tels que douleurs et/ou crampes abdominales, fièvre, malaise, selles glaireuses et/ou sanglantes, nausées et vomissements, qui durent généralement moins de 14 jours.. Bien que la plupart des gastro-entérites aiguës soient spontanément résolutives, de telles infections peuvent entraîner une symptomatologie plus sévère nécessitant une hospitalisation. En outre, des complications à long terme peuvent inclure le syndrome de Guillain-Barré, l'arthrite réactive, le syndrome du côlon irritable post-infection, le syndrome de malabsorption post-infection ou le syndrome hémolytique urémique.. L'identification d'un agent infectieux peut aider à la prise en charge du patient sur le plan du traitement, de l'isolement entérique du patient et des examens complémentaires. Du point de vue de santé publique, l'identification d'un agent pathogène permet également de mettre rapidement en évidence une toxi-infection alimentaire collective et d’en déterminer la source.. Les techniques conventionnelles diagnostiques en microbiologie clinique sont basées sur la culture avec un temps de réponse allant de 24 heures. jours. Ce délai est incompatible avec la prise en charge des patients aux urgences. De nombreux patients présentant une GEI au service des urgences doivent donc bénéficier d’examens complémentaires (type scanner abdomino-pelvien), d’antibiothérapie à large spectre voire d’hospitalisation dans un but principalement diagnostique.. . Récemment, de nombreux laboratoires de microbiologie clinique ont adopté des panels d'agents pathogènes gastro-intestinaux basés sur la PCR (Polymerase Chain Reaction) multiplexe comme moyen rapide et précis de diagnostiquer la gastro-entérite aiguë. Ces tests permettent d'identifier des organismes spécifiques qui étaient difficilement diagnostiqués auparavant. Les études microbiologiques ont démontré la supériorité de l'analyse multiplexe des selles par PCR pour détecter un plus grand nombre de pathogènes que les tests conventionnels. Malgré l'adoption récente des tests de selles par PCR multiplexe, il existe peu de données sur l’impact clinique d’une telle technique sur la prise en charge des patients.. Au GHPSJ, la technique de détection des bactéries entéropathogènes directement dans les selles par PCR mutiplexe (Novodiag® Bacterial GE) est réalisée dans le laboratoire de Microbiologie clinique depuis le 04/11/2019. Avant cette période, la technique de référence était une culture standard. La culture standard consiste à ensemencer le prélèvement sur des géloses spécifiques avec une lecture à 24h-48h et 72h. La réalisation d’une identification et d’un antibiogramme peuvent ajouter 24-48h supplémentaires.. . L’objectif est d’évaluer l’impact clinique de la réalisation d’une PCR multiplexe d’un panel d'agents pathogènes bactériens gastro-intestinaux (Novodiag – Bacterial GE) sur la prise en charge des patients aux urgences en comparaison à la méthode standard.