la métagénomique shotgun face aux autres techniques de microbiologie LCRxNGS

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Les méningites sont sont des inflammations la plupart du temps causée par une infection fréquemment non documentée malgré une exploration en général très large par les techniques conventionnelles de microbiologie. Les raisons à cela, parmi les plus fréquentes, peuvent-être l’exploration ciblée de virus par PCR qui ne couvrirait pas un panel suffisant, la présence de bactéries à croissance difficile (Nocardiose par exemple) ou l’administration d’antibiotique. Les performances de la technique de métagénomique shotgun dans le diagnostic ont été démontrées supérieures dans toutes ces situations et il est probable qu’elles constituent une alternative intéressante de diagnostic pour la détection des microorganismes. Cette technique présente un autre avantage qui n’a encore jamais été exploré, il s’agit de la transcriptomique de l’hote. En effet, il existe de nombreuses situations pour lesquels le micro-organisme n’est pas accessible (prélèvement trop tardif, méningite post-infectieuse…), dans ce cas, notre hypothèse est que la réaction cellulaire méningée représentée par l’ensemble des transcrits présents dans le LCR conservent une « mémoire » du trigger initial qui permettrait d’orienter sur l’origine infectieuse indépendamment de la détection du microorganisme.. . Notre objectif est d’évaluer les performances de la métagénomique associée à la transcriptomique dans la détection des microorganismes et plus largement dans le diagnostic étiologique de méningite.