Le séquençage peu profond dans les pertes de grossesse.

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Malgré les avancées technologiques récentes, un nombre inacceptable de pertes de grossesse reste inexpliqué. Au vu des avancées récentes dans le domaine du séquençage du génome entier, il devient essentiel de lever les obstacles techniques qui limitent encore l’accès à des informations diagnostiques précises. Ces progrès doivent permettre aux couples d’obtenir les réponses nécessaires pour comprendre les causes de leur perte de grossesse.
En démontrant que les résultats de détection des variations du nombre de copies (CNV) sont comparables entre l'analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et le séquençage peu profond du génome entier (sWGS), nous visons à exploiter la technique sWGS pour obtenir des informations génétiques fiables et fournir des réponses plus claires aux couples concernant l'étiologie de leur perte de grossesse. Le sWGS est une approche rapide et économique qui offre une vue d'ensemble complète du paysage génomique. Cette technique fournit une approximation des profils d’ACPA, avec l'avantage de délais plus courts, de coûts réduits et de compatibilité avec des échantillons dégradés ou FFPE. Cela permettra à son tour une prise en charge clinique plus adaptée pour les grossesses futures, évitant par exemple des traitements inutiles et des bilans redondants de pertes de grossesse répétées.
De plus, le sWGS appliqué à l'ADN des villosités offre l'avantage unique de détecter le mosaïcisme confiné au placenta, une anomalie qui peut rester non détectée si le tissu placentaire n'est pas spécifiquement analysé.
En outre, si l'efficacité de cette technique est démontrée, nous pourrions analyser rétrospectivement des blocs FFPE archivés dans les cas de pertes de grossesse répétées ou, si nécessaire, dans les cas présentant des antécédents familiaux évocateurs de CNV sous-jacentes.
Par ailleurs, le sWGS peut détecter des anomalies chromosomiques qui peuvent passer inapercues avec la technique d’ACPA standard, telles que la triploïdie. Le sWGS repose sur le comptage des lectures de séquençage réparties sur l'ensemble du génome. Chaque fragment d'ADN est séquencé, et le nombre de lectures alignées par région est proportionnel à la quantité d'ADN présente. Dans la triploïdie (3n), le contenu génomique total est 1,5 fois supérieur à la normale (trois copies au lieu de deux). Après normalisation bio-informatique, cela se traduit par une augmentation globale et uniforme du signal de couverture à travers le génome. Ainsi, le sWGS peut révéler une élévation systématique du signal, indicative de polyploïdie (par exemple, triploïdie, tétraploïdie), à condition que les données soient correctement calibrées.
Enfin, ces résultats peuvent être corrélés avec l'analyse histologique pour mieux guider les examens futurs. En ciblant des lésions spécifiques (par exemple, des villosités dystrophiques), nous pourrons sélectionner de manière ciblée les échantillons à tester, améliorant ainsi la précision diagnostique.

Pour répondre à l'objectif, tous les produits de fausse couche, ainsi que les placentas issus de morts fœtales ou d’interruptions médicales de grossesse, ayant bénéficié d’une analyse par ACPA (analyse chromosomique sur puce à ADN) dans le cadre d’une prise en charge en génétique médicale au CHU de Toulouse, et dont les échantillons ont été simultanément envoyés au laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques pour analyse complémentaire, sont inclus dans cette étude.
Tous ces échantillons présentant des résultats anormaux seront simultanément analysés par séquençage peu profond du génome entier (sWGS) afin d'évaluer si les CNV détectées sont également identifiées par cette technique.