MINI-OS : Evaluation d'un nouvel outil diagnostique (MinION) pour l'identification des microorganismes impliqués dans les ostéites de plaies du pied chez les patients vivant avec un diabète sucré (OPPPD).

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Les infections des plaies du pied diabétique sont majoritairement polymicrobiennes. Cependant, la culture microbiologique « classique » ne permet pas de mettre en évidence l’ensemble des bactéries potentiellement impliquées dans ces infections et nécessite un délai qui peut avoir un impact négatif en retardant la prise en charge et/ou la prescription d’un traitement antibiotique adéquat.
L’analyse métagénomique en temps réel utilisant la technologie MinION d’Oxford Nanopore Technologies a démontré suffisamment de puissance pour identifier la quasi-totalité des génomes microbiens dans un échantillon donné, en fournissant des informations supplémentaires sur leur profil d’antibiorésistance et la prédiction in silico des gènes qui codent pour les facteurs de virulence, en moins de 4 heures. Sur la base de ces résultats rapides, un protocole de prise en charge pourrait être défini spécifiquement pour chaque patient dans une perspective de médecine personnalisée.
objectif : Etudier la diversité des espèces bactériennes et fongiques identifiées par méthode MinION et comparer cette diversité à l’information obtenue par méthode conventionnelle (culture microbiologique « classique ») à partir des biopsies osseuses issues d’OPPPD.