Mise en place du séquençage long-read pour la détection d’épimutation dans le diagnostic des maladies rares.

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Le Plan France Médecine Génomique 2025 développe l’utilisation du séquençage du génome entier (WGS), qui a déjà permis d’identifier de nouvelles causes de troubles du développement, comme les variations du gène RNU4-2, auparavant inaccessibles aux techniques classiques.
Cependant, le WGS à courtes lectures ne permet pas d’identifier toutes les anomalies. Les technologies de séquençage de nouvelle génération, notamment le séquençage long-reads Nanopore, offrent une avancée majeure : elles permettent d’analyser simultanément les variants génétiques, les anomalies de méthylation et les haplotypes, améliorant ainsi le taux de diagnostic.
L’étude de la méthylation (épisignatures ou épimutations) est utile pour identifier certaines maladies rares non diagnostiquées, même lorsque le génome semblait normal. Les méthodes classiques présentent des limites, ce qui renforce l’intérêt des technologies long-reads qui analysent l’ADN natif sans dégradation.
Le CRMR ADSOOR du CHU de Bordeaux, fort de son expertise en anomalies du développement et en analyses génomiques, constitue une base solide pour mener un projet pilote utilisant des approches innovantes de séquençage et d’analyse épigénétique.
Cette preuve de concept montre l’intérêt de cette stratégie pour améliorer le diagnostic des maladies rares grâce à l’analyse de méthylation. La méthode pourra être appliquée dans tous les Centres de Référence Maladies Rares et étendue à d’autres pathologies rares.
C’est une étude monocentrique rétrospective sur échantillons sanguins (sang congelé ou ADN extrait) déjà collectés dans le soin pour une population de 150 patients avec constitution d’un « dataset » : calcul de la fraction méthylée pour chaque site CpG pour tous les échantillons.