Multiseq : Évaluation d’un protocole de séquençage haut débit sensible et économique pour la détection des résistances du VIH sur plateforme Illumina, analyse rétrospective et prospective entre mai 2025 et mai 2027

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

La recherche de variants VIH et du profil de résistance aux antirétroviraux par séquençage est effectué au laboratoire de Virologie du CHU de Nice par méthode Sanger depuis 1998, cette recherche permet d’adapter de manière optimale les antirétroviraux des patients. Une technique plus sensible et plus performante est désormais disponible : le séquençage haut débit ou Next-Generation Sequencing (NGS). Le séquençage NGS permet une meilleure résolution analytique, capable de détecter des variants que les méthodes classiques comme le Sanger ne détectent pas et augmente la performance du séquencage du génome viral, notamment des gènes pol (protéase, transcriptase inverse, intégrase) impliqués dans la résistance.
Des kits commerciaux NGS pour la recherche de résistance du VIH sont de plus en plus présents en laboratoire, mais leurs coûts économiques sont importants et leurs seuils de séquençage est élevé (charge virale minimale de séquençage se situe entre 1 000 et 10 000 copies/ml selon les kits).
L’objectif du projet est d’evaluer une technique de séquençage VIH NGS « maison » sur plateforme Illumina, à moindre coût, avec une bonne sensibilité et une bonne performance technique (charge virale VIH à partir de 50 copies/mL).