Prédiction d’une altération génomique cible au cours du cancer broncho-pulmonaire en utilisant l’intelligence artificielle, les données cliniques.
Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique
Objectifs poursuivis
Domaines médicaux investigués
Bénéfices attendus
Depuis une dizaine d’années, les identifications successives de « mutations oncogéniques » (gènes EGFR, BRAF, KRAS, etc.) ou de réarrangements chromosomiques (ALK, ROS1, etc.) au sein des cellules tumorales permettent de caractériser les adénocarcinomes bronchiques de manière plus précise. Ces découvertes ont également permis de développer de nouvelles armes thérapeutiques ciblées avec une nette amélioration du pronostic et de la qualité de vie de certains patients au stade métastatiques. Une anomalie génomique dite « actionnable », c’est-à-dire pour laquelle un traitement spécifique existe déjà, est retrouvée chez environ 30% des patients. La recherche de ces anomalies est donc actuellement recommandée chez tous les patients pour lesquels un diagnostic histologique d’adénocarcinome bronchique primitif métastatique est posé. Toutefois, dans environ 30% des cas, le prélèvement histologique s’avère quantitativement ou qualitativement insuffisant pour une recherche exhaustive d’anomalie génomique. Le médecin doit alors décider de traiter un malade chez lequel l’ensemble des anomalies génomiques possibles n’a pas été recherché, au risque d’une perte de chance. Par ailleurs, ce type de recherche a un coût non négligeable qui dépend du nombre de gènes testés, des pays et modes de financement de la santé.. . Une étude récente a montré des tropismes métastatiques différents des adénocarcinomes bronchiques selon la présence d’une anomalie génomique. A titre d’exemple, les adénocarcinomes EGFR + présentent un risque plus élevé de métastases pleurales, tandis que les cancers ALK+ sont associés à un risque plus important de métastases cérébrales. De même, certaines mutations sont plus représentées dans la population des non-fumeurs ou ex-fumeurs. Notre hypothèse de travail repose donc sur une possible prédiction de la présence d’une anomalie génomique en se basant sur des données simples, et qui pourrait modifier la prise en charge des patients, soit en hiérarchisant la recherche des anomalies génomiques sur le matériel de biopsie disponible, soit en orientant le médecin vers une éventuelle re-biopsie si la probabilité de trouver une anomalie est forte. En se basant sur cette hypothèse, nous avons déjà développé un outil de prédiction d’une altération génomique cible en combinant les données cliniques et d’imagerie (sites métastatiques selon les organes), grâce à un algorithme d’intelligence artificielle en partenariat avec le laboratoire MICS de Centrale Supelec. Cet algorithme dénommé TACTIC a été entrainé sur les données de 650 patients issues d’une cohorte rétrospective réalisée dans un autre centre de référence (Institut Gustave Roussy) avec une analyse centrée sur les 4 gènes principaux (EGFR, ALK, KRAS et BRAF). Malgré de bonnes performances pour l’identification potentielle d’anomalies génomiques, l’algorithme actuel présente 2 écueils. . 1. L’algorithme n’a été conçu que sur des données issues d’un seul centre (biais de recrutement possible). 2. L’algorithme n’a porté que sur 4 anomalies génomiques, alors que d’autres anomalies ont été plus récemment identifiées et peuvent être ciblées par des traitements spécifiques.. L’objectif de cette étude est d’enrichir la base de données actuelle avec de nouvelles données de patients traités au sein du GHPSJ. L’objectif secondaire est d’identifier des présentations radio-cliniques évocatrices de la présence d’une mutation rare (ROS 1 RET, HER2, MET).
Données utilisées
Catégories de données utilisées
Source de données utilisées
Variables sensibles utilisées
Calendrier du projet
Base légale pour accéder aux données
Durée de conservation aux fins du projet (en années)
2
Fondement juridique
Article 6 du RGPD (Licéité du traitement)
Article 9 du RGPD (Exception permettant de traiter des données de santé)
Transfert de données personnelles vers un pays hors UE
Droits des personnes
La note d’information et de non-opposition est transmise à chaque patient éligible par courrier postal ou au décours de sa consultation avec le médecin. Sans un retour de sa part, il est établi que le patient ne s’oppose pas à l’utilisation de ses données. Les données médicales seront alors recueillies à partir de son dossier médical informatisé. Elles correspondent aux données démographiques, au contexte pathologique, aux données des examens ainsi que les questionnaires réalisés dans le cadre de la prise en charge du patient.. . Ce formulaire d’information précise que l’inclusion dans un protocole de recherche n’impliquant pas la personne humaine ne peut pas être réalisée sans information préalable, que le médecin investigateur doit fournir toutes les explications nécessaires concernant cette recherche, conformément aux dispositions des articles 13 et 14 du Règlement Général sur la Protection des Données (RGPD, Règlement (UE) 2016/679 du Parlement Européen et du Conseil du 27 avril 2016). L'information à la recherche fait l'objet d'un document écrit. Le patient peut à tout moment arrêter sa participation à la recherche sans justification conformément à l’article 21 du RGPD. Ceci n’aura pas de conséquence ni sur la qualité des soins et des traitements qui lui seront fournis ni sur sa relation avec son médecin. Les données recueillies jusqu’à l’expression de son opposition seront utilisées sauf demande exprès de sa part. En effet, conformément à l’article 17 du RGPD, le patient a le droit de demander l’effacement de ses données la concernant déjà collectées. Son opposition et l’accord d’utilisation ou non de ses données précédemment recueillies seront tracés dans son dossier médical informatisé.. . Conformément aux dispositions des articles 15 et 16 du règlement (UE) 2016/679 du 27 avril 2016 (Règlement Général sur la protection des données) de la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 relative à l’informatique, aux fichiers et aux libertés, modifiée par la loi n° 2018-493 du 20 juin 2018 (décret n° 2018-687 du 1° août 2018), le patient dispose d’un droit d’accès, de rectification, de portabilité, d’effacement de celles-ci ou une limitation de traitement. Le patient dispose également d’un droit d’opposition à la transmission des données couvertes par le secret professionnel susceptibles d’être utilisées dans le cadre de cette recherche et d’être traitées. Sa demande doit être adressée au Délégué à la Protection des Données du Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph, soit par courrier électronique à l’adresse dpo@ghpsj.fr, soit par courrier postal à l’adresse : 185 rue Raymond Losserand – 75014 Paris.. . Le dossier médical restera confidentiel et ne pourra être consulté que sous la responsabilité du médecin s’occupant de son traitement ainsi que par les autorités de santé et par des personnes dûment mandatées par le Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph pour la recherche et soumises au secret professionnel.. . Si le patient le souhaite, il pourra être tenu informé des résultats globaux de cette recherche une fois celle-ci achevée. S’il a des préoccupations ou des questions au sujet de cette étude l’investigateur principal de cette étude, le Docteur Caroline CARAMELLA, reste à sa disposition pour répondre à ses questions.