Projet ERDERA Translad : Réanalyse de données génomiques chez les patients atteints de maladies rares du développement et maladies neurogénétiques

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Malgré l’avènement des nouvelles techniques de séquençage à haut débit
(NGS) et les investigations moléculaires poussées dans le circuit ‘diagnostic’ (panels de
gènes, exomes cliniques….), un grand nombre de patients atteint de maladies rares reste sans diagnostic moléculaire précis. La mise en œuvre de nouvelles techniques NGS et multi-omiques est
alors nécessaire pour améliorer les rendements diagnostics et identifier les gènes impliqués
notamment dans les maladies génétiques ultra-rares. Cela nécessite des collaborations
internationales et la mise en commun de manière anonymisée des informations liées non seulement aux analyses génomiques mais aussi aux symptômes des patients.

Le service de génétique du CHU de Dijon fait partie de l’Alliance européenne de recherche sur les maladies rares ERDERA (https://erdera.org/). Le programme européen ERDERA regroupe plus de 170 organismes, issus de 37 pays pour faire progresser la recherche en matière de prévention, de diagnostic et de traitement des maladies rares.

Ce partenariat prévoit une réanalyse des données génomiques et cliniques des patients afin d’essayer d’identifier les bases génétiques des maladies rares restées sans diagnostic dans l’espoir de résoudre ces impasses diagnostiques.
Malgré l’avènement des nouvelles techniques de séquençage à haut débit
(NGS) et les investigations moléculaires poussées dans le circuit ‘diagnostic’ (panels de gènes, exomes cliniques….), un grand nombre de patients atteint de maladies rares reste sans diagnostic moléculaire précis. La mise en œuvre de nouvelles techniques NGS et multi-omiques est alors nécessaire pour améliorer les rendements diagnostics et identifier les gènes impliqués notamment dans les maladies génétiques ultra-rares. Cela nécessite des collaborations internationales et la mise en commun de manière anonymisée des informations liées non seulement aux analyses génomiques mais aussi aux symptômes des patients.

L’un des aspects du projet ERDERA (WP 7 : Evaluation and Reanalysis of Data in Rare diseases) a pour objectif principal de réévaluer, à la lumière des avancées scientifiques récentes, les données génomiques issues de précédentes analyses réalisées chez des patients atteints de maladies rares restés sans diagnostic.

Grâce aux progrès continus en génétique, en bio-informatique et en interprétation clinique, de nombreux variants génétiques autrefois considérées comme de signification inconnue peuvent aujourd’hui être mieux caractérisées. Le projet ERDERA propose donc une réanalyse systématique des données (notamment issues du séquençage d’exome ou de génome entier), en intégrant les dernières connaissances disponibles dans les bases de données, les nouvelles classifications des variants, ainsi que les nouvelles corrélations génotype-phénotype.

Cette réanalyse a pour ambition de fournir un diagnostic à des familles jusque-là sans réponse, d’orienter plus efficacement la prise en charge médicale. Elle permet également de renforcer les connaissances collectives sur les maladies rares en contribuant à l’enrichissement des bases de données partagées.

Le projet s’inscrit dans une démarche éthique et collaborative, en lien étroit avec les patients, les cliniciens, les plateformes de séquençage et les chercheurs. Il vise à démontrer l’utilité clinique de la réanalyse périodique des données génomiques et à proposer un modèle reproductible à plus large échelle.

Objectifs :
L’objectif de cette étude est de proposer à tous les patients ayant bénéficié d’un séquençage haut débit de l’exome, du génome ou de omics au cours d’une consultation réalisée au sein d’un centre de référence, en cas de résultat non-conclusif, le transfert les données analysées dans notre laboratoire pour qu’elles puissent être re-analysées dans le cadre du consortium ERDERA.
Pour les personnes sans diagnostic, il s’agit d’une nouvelle opportunité de trouver la cause génétique de la maladie.

Population :
Critères d’inclusion :
- Patients et leurs apparentés atteints d’une maladie du développement avec ou sans déficience intellectuelle OU patients atteints d’une maladie neurogénétique ou maladies génétiques rares du système nerveux sans diagnostic moléculaire précis de leur maladie
- Patients et/ ou son représentant qui ne s’opposent pas au transfert codé (pseudonymisé) des données liées aux analyses génomiques ainsi qu’aux données médicales relatives aux symptômes

Critères de non-inclusion :
- Patients pour lesquels le diagnostic moléculaire de la maladie déjà établi ET/ OU des examens sont en cours
- Patient et/ou son représentant s’opposant au transfert des données à l’Alliance ERDERA